El Herbario del Jardín Botánico inició oficialmente su colección en 2014, lleva el nombre y busca honrar a un destacado naturalista británico-estadounidense, residente en San Miguel de Allende durante varios años, quién estudió y publicó los primeros trabajos florísticos del Charco del Ingenio (1994-2007). Esta colección contiene principalmente ejemplares de la flora espontánea del Área Natural Protegida y Jardín Botánico “El Charco del Ingenio” y zonas aledañas, así como de la reserva forestal “Cañada de los Pajaritos”, ubicada en la cima de la vecina serranía de Los Picachos. El Herbario tiene el propósito de resguardar y fundamentar sobre todo la flora de la región norte-noreste del estado de Guanajuato. El acervo se encuentra organizado en cuatro grupos taxonómicos: líquenes, helechos, gimnospermas y angiospermas, los cuales están ordenados alfabéticamente por familias, géneros y especies. Su enriquecimiento se basa en las colectas de plantas nativas, malezas, ornamentales y plantas de uso regional, además de otros especímenes provenientes de intercambios y donaciones. El Herbario se suma a la colección de plantas vivas del Jardín Botánico, ampliando el acervo del mismo como colección botánica de enorme valor científico.