El Herbario BCMEX se fundó en marzo de 1981 siendo de tipo regional (en el sentido geográfico y biogeográfico), con el propósito de contar con una colección científica de la flora de la península de Baja California e islas adyacentes.

Actualmente, BCMEX cuenta con aproximadamente 24,000 ejemplares, en su mayoría plantas vasculares (22,000) y en menor cantidad hongos y líquenes (2,000). Este acervo proviene de colectas sistemáticas, intercambios y donaciones de ejemplares provenientes de otras partes de México y suroeste de los Estados Unidos.