El Herbario de la Universidad Autónoma de Aguascalientes (HUAA), perteneciente al Departamento de Biología del Centro de Ciencias Básicas, inició su colección en 1980 y contiene a la fecha más de 30, 200 ejemplares principalmente del estado de Aguascalientes, incluyendo plantas nativas, malezas, ornamentales y plantas con uso regional, además de otros especímenes provenientes de intercambios y donaciones.

Su enriquecimiento está basado en colectas realizadas por el personal que labora en el proyecto Flora del estado de Aguascalientes y por algunos ejemplares colectados por alumnos de la carrera de Biología. Las especies incluidas en el Herbario están ordenadas alfabéticamente por familias, géneros y especies.

Hasta el momento se han registrado para el estado 148 familias, 727 géneros y 2,124 especies. Las familias con mayor número de especies son: Compositae 305 especies, Gramineae 202, Leguminosae 121 y Cactáceas 56 especies.