En Baja California Sur, el Herbario HCIB del Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, en La Paz, ha estado documentando activamente la flora de la parte sur de la península y sus islas adyacentes. HCIB tiene muchas colecciones únicas que sólo se han depositado allí, especialmente para la flora de la región del Cabo que es muy diversa y que todavía no se conoce en su totalidad.

La peninsula de Baja California presenta un amplio rango de tipos de vegetación que incluye: chaparral costero, bosque de coníferas, matorral desértico bajo, y selva baja caducifolia. Se estima que la flora contiene mas de 4 mil taxa. Los herbarios mas reconocidos en la península de Baja California, albergan colecciones únicas de la flora de la región.

En el Estado de Baja California, el Herbario BCMEX de la Universidad Autónoma de Baja California en Ensenada, contiene muestras de toda la península, pero hace hincapié en la flora del estado norteño, Baja California y tiene muchas colecciones únicas, especialmente para la flora de la región de las montañas más altas, incluyendo la Sierra de San Pedro Mártir y Sierra Juárez.

En este Estado predominan los matorrales desérticos que se encuentran distribuidos desde las llanuras y desiertos del noreste (dunas de Samalayuca). Le siguen los bosques de coníferas y encinos que se desarrollan en la Sierra Madre Occidental, además de los pastizales en las mesetas centrales. También existen áreas naturales protegidas de conservación de flora y fauna silvestre y de reserva forestal. La agricultura se practica en los valles y ocupa 8% de la superficie del estado.

La flora de Chihuahua supera los 4 mil 400 taxa y solo una pequeña colección de su flora se encuentra resguardada en el Herbario CHIH de la Universidad Autónoma de Chihuahua bajo la dirección del Maestro Gustavo Quintana.

La diversidad de plantas de Sonora refleja la mezcla de grandes provincias biogeográficas. Los trópicos del Nuevo Mundo alcanzan su límite septentrional en Norteamérica en el este de Sonora. Muchas especies tropicales con amplia distribución alcanzan su límite norte cerca de Álamos en el sur de Sonora, en la selva baja caducifolia, la cual se extiende hasta los 28° 35’ N en la Sierra San Javier. El matorral espinoso de piedemonte (MEP) se extiende hasta los 30° 30’ N en la cuenca hidrográfica del río Bavispe, donde la distribución de algunas plantas y animales tropicales se extiende hacia el norte en los afluentes del norte del río Yaqui en el sureste de Arizona. Otras especies tropicales alcanzan su límite norte en la transición del matorral espinoso costero al Desierto Sonorense cerca de Guaymas (ca. 28° N) o en poblaciones aisladas en cañones o cumbres de sierras en el desierto. Muchas plantas alcanzan sus límites occidentales en la transición MEP-Desierto Sonorense en el este de Sonora y en los bosques de montaña de la Sierra Madre Occidental (SMO) en el este del estado. Varias plantas alcanzan sus límites más al sur en Sonora, entre las que se incluyen especies de zonas templadas en las serranías aisladas conocidas como islas serranas (en inglés sky islands) en el noreste y en la SMO en el este, y las especies del Desierto Sonorense en matorral espinoso en la planicie costera del sur de Sonora. Algunas plantas de pastizal desértico y de matorral desértico del Desierto Chihuahuense alcanzan sus límites meridional y occidental en la parte noreste y norte-centro de Sonora.